Deltagerne i Akademiet for Talentfulde Unge er oplagte kandidater til at læse videre på en af de længevarende videregående uddannelser, og Akademiet samarbejder derfor helt naturligt med uddannelsesinstitutioner i området. Akademiet i har dog særligt gode relationer eller faste samarbejdsaftaler med udvalgte uddannelsesinstitutioner og fakulteter.
Københavns Universitet
Akademiet har trods sin unge alder, allerede et mangeårigt samarbejde med Københavns Universitet. Blandt andet gennem et årligt tilbagevendende besøg hos Studievalg, København, samt et godt og velfunderet samarbejde både med naturvidenskabeligt fakultet, samfundsfagligt fakultet og humanistisk fakultet. Talenterne besøger hvert år alle tre fakulteter og præsenteres for de forskellige muligheder, der findes for en uddannelse på Københavns Universitet.
Roskilde Universitet
Akademiet har fornylig, især takket være Jonas Gabrielsen, opstartet et formaliseret samarbejde med Roskilde Universitet, som indebærer tilbagevendende besøg med interessante seminarer og workshops, der showcaser RUCs mange muligheder.
DTU
Akademiet har i 2012 planlagt flere besøg på DTUs campus i Lyngby. Der vil være grundintroduktioner til DTUs mange uddannelser, samt specialiserede forløb, der planlægges og afvikles af Eduforce, som er en gruppe af studerende på DTU.
Akademiet skal ligeledes besøg Biotech Academy, hvis primære formål er at udvikle undervisningsmaterialer til gymnasierne, samt at skærpe unge menneskers interesse for naturvidenskab.
CBS
Akademiet har af flere omgange været på besøg på CBS. Senest i forbindelse med et seminar på Center for Anvendt Taleteknologi om den seneste udvikling indenfor sprogteknologi.